Escritor, filólogo, historiador, jurista, literato y político. Nació en Santiago de Chile el 18 de febrero de 1830. Hijo de José Domingo Amunátegui Muñoz y Carmen Aldunate Irarrázaval. Junto con su hermano, Miguel Luis, estudió en el Instituto Nacional. Durante un examen fue descubierto por Andrés Bello, rector de la Universidad de Chile, quien se transformó en protector de los hermanos Amunátegui, instruyéndolos personalmente, dándoles a conocer manuscritos de sus obras, y suministrando vestuario, ya que habían quedado huérfanos y sufrían penurias económicas. Estudió Derecho en la Universidad de Chile y se graduó en 1857. Ya en 1856 fue elegido miembro de la Facultad de Filosofía y Humanidades, por su Estudio filológico de la lengua latina.
Se casó con Josefina Reyes Pérez-Cotapos. Uno de sus hijos, Miguel Luis Amunátegui Reyes, fue también un destacado académico. Fue vicepresidente de la Cámara de diputados en 1864 y en 1865-1866. En 1868 fue juez de Santiago en lo civil. Fue Presidente de la Corte Suprema de Chile 1892-1893. Publicó numerosas obras, entre ellas: El Arauco domado (1862), Biografía de don Manuel Antonio Tocornal (1869); en coautoría con su hermano, De la instrucción primaria en Chile: lo que es, lo que debería ser, Vida del Capitán Fernando Álvarez de Toledo (1866).
Junto a su hermano fundó “La Sociedad de Instrucción Primaria” con el objeto de combatir la alta tasa de analfabetismo (86%) en Chile en esa época . Falleció en Santiago el 17 de enero de 1899.