José Santiago Aldunate Toro nació en la Hacienda de Huechún, Melipilla, el 20 de abril de 1796, hijo de José Santiago Aldunate y Larraín y de Mercedes Toro y Valdés. Cuando era joven ingresó al ejército, alcanzando el grado de alférez en 1810 y participando activamente en la Guerra de la Independencia de Chile. Combatió en San Carlos, Chillán, Quilo, Quechereguas y Cancha Rayada. Posteriormente formó parte de la Expedición Libertadora del Perú y participó en la conquista de Chiloé, donde fue nombrado intendente, destacándose en la organización administrativa y en el fomento de la educación local.
En 1830 intervino en la firma del Tratado de Cuz Cuz, junto a Benjamín Viel, durante los conflictos civiles de la época. Fue candidato a la Presidencia de la República en 1840 y, bajo el gobierno de Manuel Bulnes, se desempeñó como ministro de Guerra y Marina (1842–1846). Desde ese cargo impulsó importantes reformas: promovió la profesionalización del ejército, adquirió los terrenos del actual Parque O’Higgins para el Campo de Marte, construyó el edificio de la Escuela Militar —de la cual sería luego director—, creó el Parque General del Ejército y fundó el cuartel de Artillería.
En el ámbito legislativo, fue plenipotenciario en 1830, senador entre 1843 y 1852 (integrando la Comisión Permanente de Guerra y Marina), y senador subrogante entre 1858 y 1867. Falleció el 21 de junio de 1864.